TP2 - Génétique de l’épigénétique chez la drosophile : des ARN (petits et grands) pour la défense de l’intégrité du génome
Contenu du site
- Traitement des données des petits ARN
- Traitement des données de RNA-seq
- Visualisation des résultats obtenus
- Annexes
Pour réaliser ces analyses nous allons utiliser l’outil Galaxy. Il s’agit d’une plateforme basée sur un système de serveur Web ouvert sur lequel vous pouvez effectuer en ligne un certain nombre de traitements sur vos données. Le projet Galaxy dispose d’un site principal.
Vous pouvez également trouver d’autres miroirs du site principal de Galaxy adapté à diverses communautés, chacune ayant choisi d’ajouter au sein du système ces propres modules. Une liste des principaux miroirs et de leurs communautés est disponible en ligne.
Attention
Dans Galaxy un peu de discipline s’impose. Si le système assure un suivi complet de tout ce que vous faites grâce à des numéros d’identification uniques de toutes les données produites, cela peut devenir compliqué à suivre si vous relancez certaines étapes plusieurs fois. Nous vous encourageons à changer le nom de vos attributs pour leur donner un nom explicite (mais de préférence court) en cliquant sur le bouton en forme de crayon "Edit attributes", en modifiant le champs "Name" et en cliquant sur "Save".
Pour rappel voici le schéma des croisements utilisés pendant le TP :
