4. Ressources
Cette section regroupe un ensemble de fichier ressources utiles pour le TP
Données brutes
Genomic features
Pour ce TP nous utiliserons la version 6.59 du génome de Drosophila melanogaster dont les fichiers de séquence au format fasta sont accessibles sur le site FTP de Flybase. La liste ci-dessous peut-être importée dans votre serveur Galaxy.
https://ftp.flybase.net/genomes/Drosophila_melanogaster/dmel_r6.59_FB2024_04/fasta/dmel-all-chromosome-r6.59.fasta.gz dmel-r6.59-fasta
https://ftp.flybase.net/genomes/Drosophila_melanogaster/dmel_r6.59_FB2024_04/fasta/dmel-all-miRNA-r6.59.fasta.gz dmel-r6.59-miRNA
https://ftp.flybase.net/genomes/Drosophila_melanogaster/dmel_r6.59_FB2024_04/fasta/dmel-all-miscRNA-r6.59.fasta.gz dmel-r6.59-miscRNA
https://ftp.flybase.net/genomes/Drosophila_melanogaster/dmel_r6.59_FB2024_04/fasta/dmel-all-tRNA-r6.59.fasta.gz dmel-r6.59-tRNA
https://ftp.flybase.net/genomes/Drosophila_melanogaster/dmel_r6.59_FB2024_04/gtf/dmel-all-r6.59.gtf.gz dmel-r6.59-gtf
Séquence du transgène PLacZ
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_GenomicFeatures/download?path=%2F&files=PLacZ.fasta PLacZ
Petits ARN
La liste ci-dessous peut-être importée dans votre serveur Galaxy. Attention à ne sélectionner que les lignes correspondant aux deux échantillons sur lesquels vous allez travailler et qui sont indiqués dans le tableau partagé dans l'onglet "petits ARN".
GLKD
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_smallRNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA28.fastqsanger.gz GLKD-ALBA28
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_smallRNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA29.fastqsanger.gz GLKD-ALBA29
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_smallRNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA30.fastqsanger.gz GLKD-ALBA30
WT
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_smallRNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA25.fastqsanger.gz WT-ALBA25
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_smallRNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA26.fastqsanger.gz WT-ALBA26
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_smallRNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA27.fastqsanger.gz WT-ALBA27
ARN
La liste ci-dessous peut-être importée dans votre serveur Galaxy. Attention à ne sélectionner que les lignes correspondant aux deux échantillons sur lesquels vous allez travailler et qui sont indiqués dans le tableau partagé dans l'onglet "ARN".
GLKD
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_RNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA1.fastqsanger.gz GLKD-ALBA1
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_RNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA2.fastqsanger.gz GLKD-ALBA2
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_RNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA3.fastqsanger.gz GLKD-ALBA3
WT
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_RNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA4.fastqsanger.gz WT-ALBA4
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_RNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA5.fastqsanger.gz WT-ALBA5
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_RNAseqData/download?path=%2F&files=ALBA6.fastqsanger.gz WT-ALBA6
Amorces de qPCR
Vous pouvez visualiser les amorces que vous avez utilisé lors de vos quantifications par qPCR dans IGV en téléchargeant le fichier PCRprimers.gff.
ChIP-seq
L'occupation de H3K9me2, H3K9me3 et Rhino (Rhi) a été déterminée par immunoprécipitation de la chromatine suivie de séquençage (ChIP-seq) à partir d'ovaires WT et d'ovaires Kdm3 GLKD. Les fichiers de couverture ci-dessous ont été obtenus à l'aide de l'outil BamCompare (Deeptools Galaxy version 3.3.2.0.0) avec une taille de bin de 100 pb et le calcul de la différence des lectures IP input en rpm.
H3K9me2
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_ChIPseq/download?path=%2F&files=ChIPseq_H3K9me2_Ctrl.bigwig
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_ChIPseq/download?path=%2F&files=ChIPseq_H3K9me2_Kdm3GLKD.bigwig
H3K9me3
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_ChIPseq/download?path=%2F&files=ChIPseq_H3K9me3_Ctrl.bigwig
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_ChIPseq/download?path=%2F&files=ChIPseq_H3K9me3_Kdm3GLKD.bigwig
Rhino
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_ChIPseq/download?path=%2F&files=ChIPseq_Rhino_Ctrl.bigwig
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_ChIPseq/download?path=%2F&files=ChIPseq_Rhino_Kdm3GLKD.bigwig
Locus de piRNA
Séquences fasta des piRNA clusters et du transgene lacZ cible. La liste ci-dessous peut-être directement importée dans votre serveur Galaxy.
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=20A.fasta 20A
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=38C_1.fasta 38C_1
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=38C_2.fasta 38C_2
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=38C_3.fasta 38C_3
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=42AB.fasta 42AB
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=80F.fasta 80F
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=flamenco.fasta Flamenco
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/AG_Ressources/download?path=%2F&files=PA92_TransgeneCible.fasta PA92-TransgeneCible
Vous pouvez récupérer les coordonnées génomiques des piARN stockés sur la piRNAdb aux formats GTF et GFF.
Fichiers des séquences des 142 piRNA clusters
https://psilo.sorbonne-universite.fr/index.php/s/Kdm3_GenomicFeatures/download?path=%2F&files=Dmel_piRNA_clusters.fa.gz piRNA-clusters